به تصحیح نیکلسون بعد از مقابله با پنج نسخه معتبر
مثنوی مولوی، همانند بیشتر مثنوی‌های صوفیانه، به صورت عمده از «داستان» به عنوان ابزاری برای بیان تعلیمات تصوف استفاده می‌کند. ترتیب قرار گرفتن داستان‌های گوناگون در این کتاب ظاهراً نظم مشخصی ندارد. شخصیت‌های اصلی داستان‌ها می‌تواند از پیامبران و پادشاهان تا چوپانان و بردگان باشد. حیوانات نیز نقش پررنگی در این داستان‌ها بازی می‌کنند.
حکایات موجود در مثنوی از منابع مختلف قدیمی‌تر آمده‌اند. برخی عیناً در مثنوی‌های عطار نیشابوری همچون منطق الطیر موجودند. برخی همچون داستان خلیفه و لیلی، پادشاه و خانه کمپیر، استر و استر، محمود و ایاز، گنج نامه، حلوا ساختن جهود و عیسوی و مسلمان از مقالات شمس استخراج شده‌اند.
آخرین داستان مثنوی (شاهزادگان و دژ هوش ربا)، با وفات مولوی ناتمام ماند. دفتر ششم مثنوی از همین روی دفتری ناتمام است. فرزند او مثنوی زیبایی دارد که در آن از مرگ پدر و ناتمام ماندن مثنوی گله کرده‌است. اصل داستان را البته جویندگان می‌توانند در مقالات شمس تبریزی بیابند و از بخش پایانی قصه مطلع شوند.
مولوی در مثنوی تبحر خود را در استفاده از اتفاقات روزمره برای توضیح دیدگاه‌های عرفانی‌اش نشان می‌دهد. ویژگی تمایزبخش دیگر این کتاب میزان گریزهای مکرر آن از داستان اصلی برای توضیح (گاه مفصل) نکات مختلف جنبی داستان، است. این نکته ممکن است بیانگر این باشد که برای مولوی مضمون داستان اهمیت بسیار بیشتری از سبک نگارش داشته‌است