سازمان سیا در ابتدا به منظور ایجاد یک مرکز تبادل اطلاعات و تحلیل برای سیاست خارجی ایالات متحده ایجاد شد، اما امروزه هدف اصلی آن گردآوری، تحلیل، ارزیابی و انتشار اطلاعات خارجی و اجرای عملیات مخفیانه است.
موفقیت‌های بریتانیا در جنگ جهانی دوم، فرانکلین روزولت را ترغیب کرد که یک واحد اطلاعاتی مشابه سازمان اطلاعات مخفی بریتانیا تأسیس کند، که «اداره خدمات راهبردی» نامیده شد. در زمان کوتاهی پس از پایان جنگ جهانی دوم، هری ترومن در سال ۱۹۴۵ دستور داد این اداره منحل شود و وظایفش به ادارات دیگر محول گردد. علی رغم، مخالفت ارتش، وزارت خارجه و FBI، هری ترومن در ژانویه ۱۹۴۶ دستور تأسیس «مرجع اطلاعات ملی» را صادر کرد، که سلف سیا محسوب می‌شود.
با تصویب قانون امنیت ملی (۱۹۴۷)، شورای امنیت ملی ایالات متحده آمریکا و سازمان سیا تأسیس شد و نهادهای پیشین منحل گردید. در سال ۱۹۴۹ قانون سازمان اطلاعات مرکزی به تصویب رسید و به سازمان سیا اجازه داد که رویه‌های مالی و اداری محرمانه را به کار بندد و این سازمان را از اغلب محدودیت‌های منابع و اعتبارات فدرال مستثنی کرد. همچنین، این سازمان را از افشای اطلاعات ساختار، کارکردها، پرسنل، عناوین، حقوق‌ها و تعداد کارمندانش مستثنی کرد.
سازمان سیا مجبور بود که همزمان در برابر خواسته‌های متفاوت رئیس جمهور، وزارت دفاع و وزارت امور خارجه پاسخگو باشد. این مجموعه مطالبات به دو حوزه گردآوری مخفیانه اطلاعات و عملیات مخفیانه معطوف بود. یکی از اهداف اصلی فعالیت‌های اطلاعاتی در این مقطع اتحاد جماهیر شوروی بود. در این زمان اداره عملیات ویژه، اداره گزارش‌ها و تخمین‌ها و اداره هماهنگ سازی خط مشی‌ها راه اندازی شد و سیا اقدام به جاسوسی گسترده دربارهٔ اقدامات، توانمندی‌ها و اهداف شوروی در اروپای مرکزی و شرقی کرد. اما، گزارش‌های اطلاعاتی اولیه سیا ضعیف بود و این سازمان نتوانست اطلاعات کافی در خصوص سلطه شوروی بر رومانی و چکسلواکی و نیز محاصره برلین و پروژه بمب اتمی شوروی به دست آورد. تا زمان وقوع جنگ کره در سال ۱۹۵۰، سازمان سیا تنها چند هزار نفر پرسنل داشت و توانایی گردآوری اطلاعات را نداشت. با این حال، این سازمان در مواردی نظیر اثرگذاری بر انتخابات سال ۱۹۴۸ ایتالیا موفق شد با صرف منابع هنگفت مالی سیاستمداران را تطمیع کند.