فلوبر بعداز نوشتن اثری به نام وسوسه سن آنتوان از دوستان منتقد خود، ماکسیم دوکان و لویی بونه، دعوت کرد تا داستان را برای آنها بخواند، ولی آن دو، داستان را اثر بدی برشمردند و به او پیشنهاد کردند که داستان دیگری دربارهٔ دلونه، از آشنایان آنها، بنویسد. بر این اساس، فلوبر شروع به نوشتن داستان مادام بوواری کرد و سعی کرد که داستان را براساس شخصیت‌های واقعی بنویسد و با استفاده از مشاهدات و ذهن خود وقایع را در طول داستان گسترده کند. برای مثال اما بوواری همسر دلونه است.

نگارش مادام بوواری از سپتامبر ۱۸۵۱ تا آوریل ۱۸۵۶ به مدت پنج سال در کرواسه طول کشید. در این مدت فلوبر روزانه بیش از چند خط نمی‌نوشت و مرتب مشغول ویرایش نوشته‌های پیشین بود و هرآنچه را بر کاغذ می‌آورد با صدای بلند برای خود می‌خواند. او برای غنا بخشیدن به داستان علاوه بر بیان داستان اصلی، به بیان چند خاطره و چگونگی ارتباطش با لوئیز کوله پرداخته است. او که بسیار با شخصیت مادام بوواری هم‌ذات‌پنداری می‌کرده‌است، در نامه‌ای گفته‌است که هنگام نوشتن صحنه سم خوردن اما بوواری، مزه آرسنیک را در دهان خود احساس می‌کرده‌است.