ماجرای داستان حول یک تئوری خاص در مورد تاریخ مسیحیت می‌گردد که پیش از این نیز در موردش صحبت شده است و تاریخ‌دانانی با آن موافقند. کتاب «خون مقدس، جام مقدس» منبع اصلی برای این تئوری‌ها بوده است. طبق این تئوری عیسی مسیح با مریم مجدلیه ازدواج کرده است و صاحب فرزند شده است و کلیسای کاتولیک و واتیکان با اطلاع از این قضایا قصد در پنهان کردن آن‌ها داشته‌اند. در ضمن «جام مقدس» نه یک شیئی بلکه خود مریم مجدلیه است.
تئوری‌های مختلف دیگری نیز در این فیلم وجود دارند؛ مثلاً این که لئوناردو داوینچی همجنسگرا بوده است و نقاشی معروف «مونالیزا» در واقع پرتره داوینچی از خودش به شکل یک زن است.